Le Protocole d'évaluation des rivières de l'Ontario (PERO) contient une série de techniques normalisées servant à évaluer l'habitat, les petites bestioles et les communautés de poissons dans les cours d'eau traversables.

Ce protocole permet aux données d’être partagées, utilisées pour faire des comparaisons et pour des fins multiples, et sont stockées dans une base de données commune. Le protocole s'est avéré utile pour formuler des recommandations sur les questions touchant à la restauration et aux projets d'amélioration.

La CNS utilise également les méthodologies du PERO dans les petits ruisseaux du bassin versant afin de recueillir des informations sur la morphologie des cours d’eau, la stabilité des berges, le débit et la qualité de l'eau. Le programme suit de près le calendrier quinquennal des échantillonnages de qualité de l’eau de la CNS en vue de disposer de données comparables.

Le personnel du département des pêches de la CNS utilise une méthode appelée pêche électrique dans les drains municipaux et les cours d'eau pour surveiller les quantités et la composition des espèces. La pêche électrique est une méthode couramment employée pour les relevés scientifiques dans le but d’échantillonner les populations de poissons. Effectuée correctement, la pêche électrique ne cause aucune répercussion permanente aux poissons qui reviennent à leur état naturel en moins de deux minutes après avoir été étourdis.

La CNS s'appuie sur l'autorisation de recueillir des données sur les propriétés privées appartenant aux propriétaires locaux, qui à leur tour reçoivent des rapports montrant les résultats du PERO.